Clingen liegt im Tal der Helbe.
Südlich von Clingen passiert die „Sächsische Helbe“, ein Nebenarm der Helbe, den Ort und im Norden fließt der eigentliche Flusslauf, die Helbe, hier auch „Steingraben“ genannt.
Am äußersten Nordrand fließt der andere Nebenarm der Helbe, die „Schwarzburgische Helbe“.
Die Umgebung ist von einer flachwelligen, sehr fruchtbaren, waldarmen Beckenlandschaft, dem Thüringer Becken, geprägt.
Zehn Kilometer nördlich verläuft die Hainleite, ein niedriger Mittelgebirgszug.
Clingen ist eine regelmäßige mittelalterliche Stadtanlage, in deren Mittelpunkt der langgestreckte Marktplatz liegt.
Später dehnte sich die Stadt nach Norden bis ans Ufer der Helbe aus.
Unmittelbar angrenzend liegt die Stadt Greußen helbeabwärts sowie das Dorf Westgreußen helbeaufwärts.